Le scénario se déroule immédiatement après la fin du troisième film; quand William Turner repart en mer à bord du Hollandais Volant, dont il est le nouveau capitaine. Quand à Jack Sparrow, il s'en va pour un nouveau périple, une nouvelle quête, celle de trouver la célèbre fontaine de jouvence, à l'aide d'une vieille carte...Mais il n'est pas le seul à rechercher ce fabuleux trésor, Hector Barbossa, qui vient à nouveau de voler le Black Pearl de Jack poursuit également cette quête. Il lui faut tout d'abord récupérer la carte qui permet de trouver la fontaine, et c'est Jack qui la détient; la route sera longue jusqu'à ce trésor perdu.

Outre, Jack et Barbossa et leur quête; la jeune épouse de William Turner, Elizabeth Swann ne peut qu'espérer voir son époux revenir, mais le problème, c'est qu'étant le capitaine du Hollandais, il ne peut revenir sur la terre qu'une fois tous les 10 ans. Un délai trop long certes. Ce serait si simple s'il y avait un autre moyen, de faire en sorte que Will ne soit plus le capitaine de ce bateau fantôme. Ou que les dix ans d'attente soient annulés; peut-être que la déesse des mers, Calypso, revenue sous une forme humaine, pourrait changer ça?...Mais cette dernière s'attend sûrement à autre chose en retour...on ne peut faire quelque chose sans rien recevoir en échange, surtout pour quelque chose comme ça. Calypso, connue sous le nom de Tia Dalma, aimerait voir Davy Jones revenir, elle est capable d'une telle chose, mais ce dernier, chercherait sans doute à reprendre ce qui lui appartient; le Hollandais Volant. Arrivera-t-il à le récupérer?...

Quand au petit monde, à Port-Royal, célèbre ville maritime au commerce fleurissant; rien n'a été plus calme qu'aujourd'hui. Un an s'est écoulé depuis les récents évènements et les mers sont de plus en plus agitées. Est-ce la tempête qui se prépare ? Les mers reviennent de droit aux pirates, qui ne veulent qu’être les rois des eaux ; ce qui ne plaît pas à tout le monde. Voilà pourquoi les exécutions de pirates et des complices de ces derniers se déroulent en nombre depuis quelques jours ; l’ordre doit être instauré dans cette ville, et dans l’océan. Les mers sont de nouveau sous le contrôle des anglais et de la Compagnie des Indes, qui s’activent petit à petit, essayant de retrouver des rescapés à la précédente guerre. Lord Cutler Beckett à survécu à la bataille, mais ce n'est pas le cas de l'Endeavour. Les rumeurs sur son compte n'ont jamais étaient aussi vives et douteuses. S'il était en vie, pourquoi attendre si longtemps avant de refaire surface?

Réquisitionnant des navires pour leur propre compte, cherchant ce qui pourrait être un refuge pour les pirates. Une dictature s’est mise en place au sein de la ville, tout le monde est de plus en plus dur, et intransigeant, n’acceptant aucune erreur, surtout si cela concerne la piraterie. Un simple voleur de miche pain est officiellement un voleur et il est donc bon pour la potence; uniquement pour servir d'exemple aux futurs hors-la-loi. Bien sûr, la perte de soldats de la ville à jeter un froid, la sécurité des habitants à été à un moment, plutôt critique ; personne pour s’occuper de cette ville maritime, personne pour la diriger comme il le fallait. Jusqu’au jour où on fut obligé de nommer à un certain rang la première personne qui se présentait pour calmer la foule. Lady Alecto Leyan, fille d'un amiral de la Compagnie des Indes à succédé à son prédécesseur à la tête de la ville, mais ce n'est qu'une formalité, en attente d'un nouveau dirigeant. Pour une simple employée de la Compagnie, monter à un tel grade ne pouvait être qu'honorable, et se faire voler la place ne pourrait que la contrarier et l'incité à poursuivre ses perpétuels mensonges au peuple de Port Royal. Afin de perpétuer son 'règne' ...Sa nomination fut la bienvenue pour les habitants de la ville, mais au fond, étais-ce un si bon choix ?...

Le monde est sur le point de changer, qui à dit que l’âge d’or des pirates était sur le point de toucher à sa fin ? Rien n’est jamais trop tard ou trop tôt, les plus forts survivront à cette nouvelle guerre, et les plus faibles ne tiendront pas bien longtemps. Mais, une seule question demeure, qui gagnera ? Et surtout, combien y aura-t-il de pertes cette fois-ci ? ..